对于4月龄之内的小婴儿，如果确诊了百日咳，需要住院治疗，因为他们的并发症严重，并且发作迅速，医院会有危险。其他年龄段的孩子，如果咳嗽导致不能进食，有呼吸窘迫等表现，有癫痫表现，诊断为肺炎的，也需要住院治疗。不管是住院还是在家治疗，都包括两个方面，一是对症治疗，让孩子能舒服——对症支持治疗就是控制咳嗽，和保证孩子维持基本营养。
但是对于咳嗽控制上，目前没有什么有效的方式，各种止咳药、支气管扩张剂、激素对该问题没有什么作用（合并哮喘、毛细支气管炎时另外讨论），所以不建议使用。
对于咳嗽，我们能做的就是避开激发咳嗽的因素，比如运动、大哭大笑、温度突然变化。因为咳嗽、呕吐可能影响孩子进食，导致脱水营养不良问题，所以建议首先保证孩子液体摄入量，做些孩子喜欢吃的，性状软糯孩子容易吃的食物。二是对因治疗，将百日咳杆菌消灭，也就是使用抗生素治疗——因为早期进行抗生素治疗，可以缩短病程和减少并发症（也有观点认为只有在发病的前7天才有效果），减少向外传染的机会。
总之要尽早治疗，临床怀疑百日咳后就能治疗了，不用非等到结果出来。如果咳嗽已经大于3周，但是患者会接触到小婴儿，这时为了预防传染给婴儿，也考虑患者抗生素治疗。